香港科技大学是因为1980年代经济结构转变而起。由于香港已经进入经济转接期，香港政府预计香港经济会转型为以高科技与商业为主，而工商业要求有更多大学生配合，所以当时香港政府就决定兴建第三间大学，以配合这个需要。1984年，中英联合声明被签署，确认英国将于1997年将香港主权移交予中华人民共和国，而当时的英军便分批撤走，部份军营也因此而空置。1986年，香港政府选址新界清水湾半岛北部大埔仔的前高希马军营（Kohima Camp）兴建香港科技大学，动工之前香港童军总会更特意在该处举办一个大型露营“香港钻禧大露营”。

　　香港科技大学首两期分别于1992年1月和1994年落成。其后，英皇御准香港赛马会及香港政府的拨款并未能够完成第三期，所以吴校长不断筹款以兴建其余未落成的部份。由于1991年10月开学时首期校舍未完全落成，第一批学生须于九龙尖沙咀的临时校舍上课。

　　为了推动科技突破，科大仿效普林斯顿大学之“普林斯顿高等研究院”，在2006年成立了“高等研究院”（简称高研院），并邀得著名物理学家杨振宁作为国际顾问委员会主席。

　　与当代中国研究有关的是人文社会科学院，历任人文社会科学学院院长有丁邦新 （1996年至2004年） 郑树森 （2004年至2006年）

　　苏耀昌 （2006年至2007年，署任） 宝克 （2007年至2009年，署任） 李中清 （2009年5月1日至今）。著名学者有丁学良教授等。